programing

통계: Python의 조합

skycolor 2023. 7. 21. 21:28
반응형

통계: Python의 조합

(nCr, 를 위한 함수를 찾을 수 없습니다.math,numpy또는stat유형의 함수와 유사한 것:

comb = calculate_combinations(n, r)

실제 의 수가 에, 실조합아가조수필요서해가합제,itertools.combinations관심 없어요.

마지막으로, 저는 요인 사용을 피하고 싶습니다. 제가 계산할 조합의 숫자가 너무 커질 수 있고 요인이 엄청날 수 있기 때문입니다.

이것은 정말 대답하기 쉬운 질문처럼 보이지만, 저는 모든 실제 조합을 생성하는 것에 대한 질문에 빠져들고 있습니다. 이것은 제가 원하는 것이 아닙니다.

2023년에 업데이트된 답변:Python 3.8 이후에 존재하고 3.11에서 훨씬 빨라진 math.comb 함수를 사용합니다.


이전 답변:scipy.special.comb(이전 버전의 scipy에서는 scipy.misc.comb)를 참조하십시오.언제exact가말른 함수를 사용하여 많은 시간을 들이지 않고 좋은 정밀도를 얻을 수 있습니다.정확한 경우 임의 정밀 정수를 반환하므로 계산하는 데 시간이 오래 걸릴 수 있습니다.

직접 쓰는 게 어때요?한 줄 또는 그와 같은 것입니다.

from operator import mul    # or mul=lambda x,y:x*y
from fractions import Fraction

def nCk(n,k): 
  return int( reduce(mul, (Fraction(n-i, i+1) for i in range(k)), 1) )

테스트 - Pascal의 삼각형 인쇄:

>>> for n in range(17):
...     print ' '.join('%5d'%nCk(n,k) for k in range(n+1)).center(100)
...     
                                                   1                                                
                                                1     1                                             
                                             1     2     1                                          
                                          1     3     3     1                                       
                                       1     4     6     4     1                                    
                                    1     5    10    10     5     1                                 
                                 1     6    15    20    15     6     1                              
                              1     7    21    35    35    21     7     1                           
                           1     8    28    56    70    56    28     8     1                        
                        1     9    36    84   126   126    84    36     9     1                     
                     1    10    45   120   210   252   210   120    45    10     1                  
                  1    11    55   165   330   462   462   330   165    55    11     1               
               1    12    66   220   495   792   924   792   495   220    66    12     1            
            1    13    78   286   715  1287  1716  1716  1287   715   286    78    13     1         
         1    14    91   364  1001  2002  3003  3432  3003  2002  1001   364    91    14     1      
      1    15   105   455  1365  3003  5005  6435  6435  5005  3003  1365   455   105    15     1   
    1    16   120   560  1820  4368  8008 11440 12870 11440  8008  4368  1820   560   120    16     1
>>> 

되었습니다. 대체하도록 편집됨int(round(reduce(mul, (float(n-i)/(i+1) for i in range(k)), 1)))와 함께int(reduce(mul, (Fraction(n-i, i+1) for i in range(k)), 1)) N/K N/K ▁for▁n▁▁it▁won'▁sot▁err않을/▁n지수하/실.

구글 코드에 대한 빠른 검색은 다음을 제공합니다(@Mark Byers의 답변 공식을 사용합니다).

def choose(n, k):
    """
    A fast way to calculate binomial coefficients by Andrew Dalke (contrib).
    """
    if 0 <= k <= n:
        ntok = 1
        ktok = 1
        for t in xrange(1, min(k, n - k) + 1):
            ntok *= n
            ktok *= t
            n -= 1
        return ntok // ktok
    else:
        return 0

choose()(0 < = ( < 쌍 ) 보다 빠릅니다(0 < = (n,k) < 1e3 쌍).scipy.misc.comb()정확한 답변이 필요하시면.

def comb(N,k): # from scipy.comb(), but MODIFIED!
    if (k > N) or (N < 0) or (k < 0):
        return 0L
    N,k = map(long,(N,k))
    top = N
    val = 1L
    while (top > (N-k)):
        val *= top
        top -= 1
    n = 1L
    while (n < k+1L):
        val /= n
        n += 1
    return val

정확한 결과와 속도를 원한다면 gmpy를 사용해보세요.gmpy.comb당신이 요구하는 것을 정확히 해야 하고, 그것은 꽤 빠릅니다(물론, 그것은.gmpy의 원작자, 는 편향되어 있습니다;-).

정확한 결과를 원하는 경우 를 사용합니다.그것이 가장 빠른 방법인 것 같습니다, 솔직히.

x = 1000000
y = 234050

%timeit scipy.misc.comb(x, y, exact=True)
1 loops, best of 3: 1min 27s per loop

%timeit gmpy.comb(x, y)
1 loops, best of 3: 1.97 s per loop

%timeit int(sympy.binomial(x, y))
100000 loops, best of 3: 5.06 µs per loop

수학적 정의를 문자 그대로 번역하는 것은 많은 경우에 상당히 적절합니다(파이썬이 자동으로 큰 숫자의 산술을 사용한다는 것을 기억하십시오).

from math import factorial

def calculate_combinations(n, r):
    return factorial(n) // factorial(r) // factorial(n-r)

: r=500)의의 라이너보다 .reduce다른 답변(현재 가장 높은 투표율)에서 제안되었습니다.반면, @J.F.가 제공한 스니펫보다 성능이 뛰어납니다.세바스찬.

하는 중Python 3.8이제 표준 라이브러리에는 이항 계수를 계산하는 함수가 포함됩니다.

수학.comb(n, k)

의 항목에서 의 항목을 할 수 의 수 반 복 개 개 없 서 에 수 하 는 택 선 의 법 방 을
n! / (k! (n - k)!):

import math
math.comb(10, 5) # 252

여기 다른 대안이 있습니다.이것은 원래 C++로 작성되었기 때문에 유한 정밀 정수(예: __int64)에 대해 C++로 백포트할 수 있습니다.장점은 (1) 정수 연산만 포함하고 (2) 곱셈과 나눗셈의 연속적인 쌍을 수행하여 정수 값의 부풀림을 방지한다는 것입니다.Nas Banov의 Pascal 삼각형으로 결과를 테스트해 본 결과 정답은 다음과 같습니다.

def choose(n,r):
  """Computes n! / (r! (n-r)!) exactly. Returns a python long int."""
  assert n >= 0
  assert 0 <= r <= n

  c = 1L
  denom = 1
  for (num,denom) in zip(xrange(n,n-r,-1), xrange(1,r+1,1)):
    c = (c * num) // denom
  return c

근거:곱셈과 나눗셈의 수를 최소화하기 위해 식을 다음과 같이 다시 씁니다.

    n!      n(n-1)...(n-r+1)
--------- = ----------------
 r!(n-r)!          r!

곱셈 오버플로를 최대한 방지하기 위해 왼쪽에서 오른쪽으로 다음과 같은 엄격한 순서로 평가합니다.

n / 1 * (n-1) / 2 * (n-2) / 3 * ... * (n-r+1) / r

우리는 이 순서로 작동하는 정수 산술이 정확하다는 것을 보여줄 수 있습니다(즉, 반올림 오차 없음).

scipy.special.comb를 사용하는 것보다 실제로 약 5-8배 더 빠른 것으로 판명된 2개의 간단한 함수를 작성할 수 있습니다.실제로 추가 패키지를 가져올 필요가 없으며 기능을 쉽게 읽을 수 있습니다.비결은 메모화를 사용하여 이전에 계산된 값을 저장하고 nCr의 정의를 사용하는 것입니다.

# create a memoization dictionary
memo = {}
def factorial(n):
    """
    Calculate the factorial of an input using memoization
    :param n: int
    :rtype value: int
    """
    if n in [1,0]:
        return 1
    if n in memo:
        return memo[n]
    value = n*factorial(n-1)
    memo[n] = value
    return value

def ncr(n, k):
    """
    Choose k elements from a set of n elements - n must be larger than or equal to k
    :param n: int
    :param k: int
    :rtype: int
    """
    return factorial(n)/(factorial(k)*factorial(n-k))

우리가 시간을 비교한다면,

from scipy.special import comb
%timeit comb(100,48)
>>> 100000 loops, best of 3: 6.78 µs per loop

%timeit ncr(100,48)
>>> 1000000 loops, best of 3: 1.39 µs per loop

동적 프로그래밍을 사용하면 시간 복잡도는 Δ(n*m)이고 공간 복잡도는 Δ(m)입니다.

def binomial(n, k):
""" (int, int) -> int

         | c(n-1, k-1) + c(n-1, k), if 0 < k < n
c(n,k) = | 1                      , if n = k
         | 1                      , if k = 0

Precondition: n > k

>>> binomial(9, 2)
36
"""

c = [0] * (n + 1)
c[0] = 1
for i in range(1, n + 1):
    c[i] = 1
    j = i - 1
    while j > 0:
        c[j] += c[j - 1]
        j -= 1

return c[k]

이 프그램상있경우는이한대한으로 설정되어 있는 n(말씀하세요.n <= N및으로 cCr을 계산해야 에 대하여).N시간), lru_cache를 사용하면 성능이 크게 향상됩니다.

from functools import lru_cache

@lru_cache(maxsize=None)
def nCr(n, r):
    return 1 if r == 0 or r == n else nCr(n - 1, r - 1) + nCr(n - 1, r)

하는 것(으로 수행은 최대 캐구암성에는다필작다같요니합수시업까지 소요됩니다.O(N^2) 이후에 간시로 전화가 . 다음에 오는 모든 전화는nCr돌아올 것입니다.O(1).

심피를 사용하면 꽤 쉽습니다.

import sympy

comb = sympy.binomial(n, r)

Python과 함께 배포된 표준 라이브러리만 사용:

import itertools

def nCk(n, k):
    return len(list(itertools.combinations(range(n), k)))

직접 공식은 n이 20보다 클 때 큰 정수를 생성합니다.

그래서 또 다른 반응은:

from math import factorial

reduce(long.__mul__, range(n-r+1, n+1), 1L) // factorial(r)

길이가 긴 것을 고수함으로써 파이썬 큰 정수를 피하기 때문에 짧고 정확하며 효율적입니다.

scipy.special.comb와 비교하면 더 정확하고 빠릅니다.

 >>> from scipy.special import comb
 >>> nCr = lambda n,r: reduce(long.__mul__, range(n-r+1, n+1), 1L) // factorial(r)
 >>> comb(128,20)
 1.1965669823265365e+23
 >>> nCr(128,20)
 119656698232656998274400L  # accurate, no loss
 >>> from timeit import timeit
 >>> timeit(lambda: comb(n,r))
 8.231969118118286
 >>> timeit(lambda: nCr(128, 20))
 3.885951042175293

이 기능은 매우 최적화되어 있습니다.

def nCk(n,k):
    m=0
    if k==0:
        m=1
    if k==1:
        m=n
    if k>=2:
        num,dem,op1,op2=1,1,k,n
        while(op1>=1):
            num*=op2
            dem*=op1
            op1-=1
            op2-=1
        m=num//dem
    return m

그것은 상당히 큰 입력을 위해 순수 파이썬에서 할 수 있는 것만큼 빠를 것입니다.

def choose(n, k):
    if k == n: return 1
    if k > n: return 0
    d, q = max(k, n-k), min(k, n-k)
    num =  1
    for n in xrange(d+1, n+1): num *= n
    denom = 1
    for d in xrange(1, q+1): denom *= d
    return num / denom

여기 당신을 위한 효율적인 알고리즘이 있습니다.

for i = 1.....r

   p = p * ( n - i ) / i

print(p)

예를 들어 nCr(30,7) = 팩트(30) / (팩트(7) * 팩트(23) = (30 * 29 * 28 * 27 * 26 * 25 * 25 * 24 ) / (1 * 2 * 3 * 4 * 5 * 6 * 7 )

1번부터 1번까지 루프를 실행하면 결과를 얻을 수 있습니다.


파이썬에서:

n,r=5,2
p=n
for i in range(1,r):
   p = p*(n - i)/i
else:
   p = p/(i+1)
print(p)

저는 이 스레드와 여기에 연결된 라이브러리에서 17개의 다른 기능을 타이밍했습니다.

여기에 버리기가 좀 부담스러워서, 저는 기능들의 코드를 여기 붙여넣었습니다.

제가 한 첫 번째 테스트는 파스칼의 삼각형을 100번째 줄로 만드는 것이었습니다.저는 이걸 하기 위해 시간을 100번 사용했습니다.아래 숫자는 삼각형을 한 번 만드는 데 걸린 평균 시간(초)입니다.

gmpy2.gmpy2.comb 0.0012259269999998423
math.comb 0.007063110999999935
__main__.stdfactorial2 0.011469491
__main__.scipybinom 0.0120114319999999
__main__.stdfactorial 0.012105122
__main__.scipycombexact 0.012569045999999844
__main__.andrewdalke 0.01825201100000015
__main__.rabih 0.018472497000000202
__main__.kta 0.019374668000000383
__main__.wirawan 0.029312811000000067
scipy.special._basic.comb 0.03221609299999954
__main__.jfsmodifiedscipy 0.04332894699999997
__main__.rojas 0.04395155400000021
sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 0.3233529779999998
__main__.nasbanov 0.593365528
__main__.pantelis300 1.7780402499999999

여기에는 16개의 기능만 있는 것을 알 수 있습니다.그 이유는recursive()함수는 적절한 시간 내에 한 번도 이 작업을 완료할 수 없었기 때문에 테스트할 때 제외해야 했습니다.정말로, 몇 시간 동안 계속되고 있습니다.

또한 위의 모든 기능이 지원하지 않는 다양한 유형의 입력에 대한 시간을 측정했습니다.nCr은 계산 비용이 많이 들고 성격이 급하기 때문에 테스트를 10번씩만 실행했다는 것을 기억하세요.

n에 대한 부분 값

__main__.scipybinom 0.011481370000000001
__main__.kta 0.01869513999999999
sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 6.33897291

r에 대한 부분 값

__main__.scipybinom 0.010960040000000504
scipy.special._basic.comb 0.03681254999999908
sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 3.2962564499999987

n 및 r에 대한 부분 값

__main__.scipybinom 0.008623409999998444
sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 3.690936439999999

n에 대한 음수 값

gmpy2.gmpy2.comb 0.010770989999997482
__main__.kta 0.02187850000000253
__main__.rojas 0.05104292999999984
__main__.nasbanov 0.6153183200000001
sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 3.0460310799999943

n에 대한 음수 부분 값, r에 대한 소수 부분 값

sympy.functions.combinatorial.factorials.binomial 3.7689941699999965

최대 속도와 다용성을 위한 현재 최고의 솔루션은 입력에 따라 서로 다른 알고리즘 중에서 선택할 수 있는 하이브리드 기능입니다.

def hybrid(n: typing.Union[int, float], k: typing.Union[int, float]) -> typing.Union[int, float]:
    # my own custom hybrid solution
    def is_integer(n):
        return isinstance(n, int) or n.is_integer()
    if k < 0:
        raise ValueError("k cannot be negative.")
    elif n == 0:
        return 0
    elif k == 0 or k == n:
        return 1
    elif is_integer(n) and is_integer(k):
        return int(gmpy2.comb(int(n), int(k)))
    elif n > 0:
        return scipy.special.binom(n, k)
    else:
        return float(sympy.binomial(n, k))

부터sympy.binomial()너무 느리고, 진정한 이상적인 해결책은 코드를 결합하는 것입니다.scipy.special.binom()분수에 대해 잘 수행되는 것과gmpy2.comb()int. scipy의 funcgimpy2의 func 모두 제가 잘 모르는 C로 작성되었습니다.

내장된 메모 장식기를 사용한 @killer T2333 코드입니다.

from functools import lru_cache

@lru_cache()
def factorial(n):
    """
    Calculate the factorial of an input using memoization
    :param n: int
    :rtype value: int
    """
    return 1 if n in (1, 0) else n * factorial(n-1)

@lru_cache()
def ncr(n, k):
    """
    Choose k elements from a set of n elements,
    n must be greater than or equal to k.
    :param n: int
    :param k: int
    :rtype: int
    """
    return factorial(n) // (factorial(k) * factorial(n - k))

print(ncr(6, 3))

언급URL : https://stackoverflow.com/questions/3025162/statistics-combinations-in-python

반응형